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1955年6月28日，吴子牧任北京矿业学院院长。任职期间，他倾注了大量心血，对矿院的建设和发展，以至对中国煤炭教育事业做出了不可磨灭的贡献。

吴子牧是创建北京矿业学院的主要负责人之一。

1957年吴子牧院长率北京矿院代表团访问苏联莫斯科矿业学院(前排左四为吴子牧)

1952年，学校搬迁到北京，改名北京矿业学院。面对建校舍、聘教师、设专业等繁杂事务，吴子牧亲自谋划、指挥并落实，带领教职工日夜操劳，助力学校思想政治、教学、科研等各项工作蒸蒸日上，在首都西郊的八大学院中名列前茅。北京市委第二书记刘仁同志曾经说过：“市委对北京矿业学院很放心!”在吴子牧领导矿院工作的八、九年中，矿院为国家培养了数千名毕业生，他们在煤炭工业战线上担任技术业务和领导骨干，发挥了重要作用。

在办学方面，吴子牧贯彻执行党的教育方针。他结合煤炭工业教育特点以及多年来办学经验，提出了矿院培养人才的六项目标，对学生的政治思想、业务水平等做出了具体要求。考虑到煤炭工业工作条件艰苦，吴子牧在学生身体素质培养上下足了功夫。他十分重视学生的体育锻炼和课外体育活动，亲临高校运动会现场，有时甚至担任球赛的“场外指导”，以此鼓励学生锻炼。除群众性的体育活动外，他还抓了学生业余体育队的建设，并取得了突破性的成绩，当时在北京市影响很大。比如，北京市一年一度的春节环城赛跑，矿院曾取得9次冠军。在1958年北京市高校田径运动会上，总成绩超过体育学院、清华大学等体育实力很强的学校。男女篮球队也曾在高校比赛中分别获得过冠军。1958年国家体委授予北京矿院“全国体育运动红旗学院”的光荣称号，并颁发了奖旗。

吴子牧、魏明同志与运动员合影(前排左六为吴子牧)

吴子牧尊重知识和人才，贯彻党的知识分子政策。建校初期他对内培养、选拔人才，对外广揽人才。一方面，他注重发挥老教授的作用，虚心听取教学意见。同时，他也注重中青年骨干的力量，选拔优秀中青年教师到教学领导岗位上担负重任，帮助他们成长为煤炭工业系统知名专家，在教学科研工作中取得了重大成就。经过几年的建设，北京矿院建成了一支适应煤炭教育事业发展、老中青结合、力量雄厚的师资队伍。

院长吴子牧同经57班学生亲切交谈

吴子牧重视党的建设，强调发挥基层支部的战斗堡垒作用和党员的模范作用。他在教研组和各年级建立党支部，发展优秀教师和学生入党。马克思主义基本理论的学习也得到极大重视。吴子牧聘请马列学院等优秀毕业生来校任教的同时，开办马列主义夜大学，亲自带头讲课，极大加强了学校党的思想建设。毕业于北京矿院的深圳市委宣传部部长杨广慧同志曾感慨道：“我现在之所以能胜任宣传工作，全靠在学校学习时打下的马列主义、毛泽东思想的理论基础。”不仅仅是杨广慧同志，对其他很多老北矿毕业的人来说，恐怕都是如此。